Cycle-Extractor方法研究：从短读长与长读长测序数据重建癌细胞ecDNA环状结构

研究团队发布Cycle-Extractor（CE）方法，基于断点图与混合整数线性规划从短读长和长读长测序数据重建染色体外DNA（ecDNA）环状结构。在模拟ecDNA数据上，CE准确度与CoRAL相当并持续优于AmpliconArchitect和Decoil；在癌细胞系上表现与CoRAL相当且平均快约40倍。